После постановления боярской думы и Петра I о начале строительства флота для укрепления Азова, в Воронеже, который находился ближе всего к Азову и располагал ресурсами для постройки кораблей, Федор Апраксин начал руководить строительными работами. В 1700 году Апраксина назначили на пост приказа адмиралтейских дел, в его заслугах строительство флота, руководство им, а так же строительство Таганрога, плюс к этому он был губернатором Азова. Для укрепления военной мощи строились новые верфи, укреплялась крепость. Строительство сильного флота, повышение в должности до президента Адмиралтейств и дальнейшее укрепление Азова снискали ему уважение и почет со стороны царя и всех придворных, потому что по характеру Федор Апраксин был очень добрым человеком, гостеприимным хозяином. Несмотря на такой добрый характер для своих друзей и знакомых, помимо всей деятельности в Азове и командовании флотом, Апраксин был надежным защитником Воронежа от набегов татар. Защита стратегических объектов, умелое хозяйствование, выполнение всех пожеланий Петра I – все это стоило больших усилий для Апраксина и всех его подчиненных. Но практически со всеми поставленными задачами этот человек справлялся.