Не стоит забывать, что все действия адмирала были четко скоординированы царем. Апраксин обладал хорошими организаторскими способностями, но при этом не предпринимал большой инициативы, все основные идеи шли от Петра I.
Начиная с 1708 года начались военные действия со шведами, в которым адмирал принял активное участие. Командование Балтийским флотом могли доверить только проверенному человеку, именно ему надлежало выступить против 12-тысячного шведского войска, идущего на Петербург. И со своей задаче Апраксин справился отлично. Петр I, который в то время одержал победу под Лесной, отметил заслуги своего адмирала.
В 1710 году Федор Апраксин возглавил поход 13-тысячного корпуса на Выборг, удачная осада которого закончилась капитуляцией.
Через год возобновились стычки с турками на Азовском море, а неудачный Прутский мир заставил его уничтожить флот, созданный собственными руками и крепости.
Через два года был успешный захват двух шведских городов Гельсинфорс, Борго, было нанесено сокрушительное поражение против шведов под Пелкеном.
В 1714 году вместе с царем был разработан план нападения на шведов возле Гангута (см. Сражение при Гангуте и Победа русских при Гангуте), благодаря которой швед был выбит с территории России и с тех пор все военные действия проводились уже на территории шведов.