После жизни в Лондоне Генри Моргану захотелось вернуться на Ямайку, его назначили вице-губернатором и доверили командование военными силами. К нему перешли под командование сухопутные войска и весь флот города. Кроме того, пирату была доверена должность главы Судебного ведомства.
И надо сказать, что со своей работой он справлялся отлично, преследуя пиратов и арестовывая своих бывших подельников с большим рвением и энтузиазмом.
Жизнь в мягких условиях сделала его обрюзгшим стариком в 50 лет, а постоянные выпивки в неумеренных дозах привели его к циррозу печени, плюс еще прогрессировал туберкулез.
Став уважаемым добросовестным гражданином своей страны, в чине вице-губернатора он умер и был похоронен со всеми почестями и церемониями, которых удостаиваются такие высокие чины, останки были отправлены в церковь святой Екатерины в Порте-Ройяле.
Даже после смерти тело не смогло найти покоя, землетрясение, затопившее большую часть города, смыло останки знаменитого пирата, забрав то, что по праву принадлежало морю, кроме того, пострадали многочисленные постройки и кладбище города. Это произошло через четыре года после похорон, которые состоялись в 1688 году.