Северная война подошла к своему логическому концу. Федор Апраксин жил в Петербурге, укреплял Кронштадт, водил корабли против шведов от нападения англичан.
При жизни Петра I он был назначен на должность адмирала Балтийского флота, успел посетить смертельно больного императора. В последние часы общения Петр Великий благословлял Апраксина на экспедицию на Камчатку.
После смерти Петра на престол взошла Екатерина, которая тоже благосклонно относилась к адмиралу, хотя за ним водились и небольшие грешки, связанные с растратой казенных денег. При Екатерине он защищал Ревель от нападения английского флота, был в хороших отношениях практически со всеми вельможами. Был так же учрежден членом Тайного совета. Имел дружественные отношения с графом Меньшиковым.
В 1927 году ушел на покой и переехал в Москву. Буквально через год он скончался в возрасте 67 лет. Все имущество, а так же графский титул были переданы его брату, потому что детей у адмирала не было.
В создании и укреплении отечественного флота он принял непосредственное участие, хотя чаще просто выполнял волю царя, но это отнюдь не умаляет проявленное им мужество при сражениях, как на море, так и на суше.