Федор Матвеевич происходит из знатного боярского рода. В звании сотника перешел от Федора Алексеевича к Петру I. С его детских лет жизнь связана с будущим великим императором и адмиралом.
С детства забавы в потешных полках сделали выбор в жизненном пути Федора Матвеевича. Больше всего Федор Апраксин известен как строитель флота, командующий военно-морскими силами.
В 1693 году он был поставлен губернатором Архангельска, который на тот момент был единственным морским узлом России, через который осуществлялась торговля. Он руководил постройкой первого государственного судна, с которого осуществлялась торговля. По словам его современников, во время спуска на воду первого нового корабля, Федор Апраксин не мог скрыть своей радости, и не скрывал ее. Такой человек, которому было глубоко небезразлично будущее России, выполняя все приказы своего царя, мог быть адмиралом российского флота, тем более, что создал он его своим трудом. Ничуть не умаляя титанического вклада Петра I, стоит отметить все заслуги Федора Апраксина, которых было немало. Одной из первых его боевых заслуг была победа в сражении во втором походе на Азов против турецких войск, который закончился весьма удачно в 1696 году.