Генри Морган предпринял новый рейд, на этот раз его целью было нападение на Панаму. 18 января 1671 года 1200 человек на 35 кораблях и 32 каноэ направились на берег. Главный пират проявил большие организаторские способности, высадив часть разбойников на берег и начав движение на город с двух направлений. Пираты не взяли с собой продовольствия, поэтому действовать приходилось как можно быстрее, что тоже было значительным фактором, чтобы не оставить путей отступления для них и дополнительным стимулом.
Уже через десять дней начался штурм города. Обе стороны проявили большую ярость при нападении, но со временем напор испанцев был сломан, понеся большие потери, пираты захватили город, разграбили его, всех сопротивляющихся убили. К тому же город был большей частью построен из дерева, и Генри Морган принял решение сжечь его. От города осталась одна зола.
После этого часть пиратов отправилась в леса отлавливать жителей, а вторая часть стала наготове ждать торговые корабли, и те и другие проявили большое старание в грабеже и разбое, было добыто много золота и серебра, съестного провианта, и многих товаров. Даже скот был захвачен для транспортировки драгоценностей, а многих жителей согнали для продажи в рабство.