После возвращения из кругосветного путешествия, Иван Крузенштерн был прикомандирован в Петербург для написания научного труда о плавании.
1811 году стал преподавателем в Морском кадетском корпусе. Во время отечественной войны треть своего состояния, которая составляла 1000 рублей, пожертвовал на народное ополчение. В течении трех лет с 1809-1811 написал трехтомное издание «Путешествия вокруг света», «Атлас к путешествию», которые были переведены на 7 европейских языков.
Проблемы со здоровьем глаз и плохие отношения с морским министром вынудили Ивана Федоровича уйти на покой.
В 1836 году создавал и выпустил «Атлас Южного моря».
В 1842 году стал полным адмиралом, был инициатором создания в Морском кадетском корпусе высшего офицерского отделения, которое позже было названо Военно-Морской академией.
Многие мореплаватели обращались к нему за советом, потому что прекрасно знали, что он сумеет помочь.
Иван Крузенштерн был организатором экспедиций таких известных мореплавателей, как Отто Коцебу, Глеб Шишмарев, Фаддей Беллинсгаузен, Михаил Лазарев, Федор Литке. Он был одним из соучредителей Русского географического общества, идею создания которого выдвинул Федор Литке.