В 1592 году, после небольшого времени, королева Великобритании стала более благосклонной к сэру Френсису Дрейку. Под Новый год он рассказал про путешествие, которое было в 1572 году в местечко Номбре-де-Дьос. План по экспедиции был одобрен королевой, но она стала меньше доверять ему, поэтому вместе с ним отправила Джона Хокинса, с которым Френсис был знаком уже давно, начиная с первых самостоятельных лет на море. Амбициозный адмирал Дрейк хотел захватить Панаму, и, скорее всего, достиг бы своей цели, если бы не ограничения в инструкции королевы Елизаветы, которая велела только грабить золотоносные флотилии и топить испанские корабли. В помощь пирату были отправлены 2500 пехотинцев. Купцы тоже возлагали на эту экспедицию большие надежды и выделили 60 тысяч фунтов стерлингов, в море вышел 21 корабль.
Плохо, когда флотом командуют несколько человек, особенно если каждый из них честолюбив. Постоянные разногласия с Джоном Хокинсом привели к тому, что не было уже той стремительной деятельности, характерной для пиратского сословия. К тому же, к великому сожалению, города, про которые было создано столько легенд, были бедны, как выяснилось от захваченной испанской шхуны, никаких золотых городов найти не смогли. Волевого и властного пирата схватила за горло дизентерия, многие моряки были скошены этой болезнью, экспедиция оказалась провальной. Отдавшись попутному ветру, корабли постепенно причалили к Номбре-де-Дьосу.
В 1596 году 29 сентября Френсиса Дрейка не стало.