Открытие Педру Алвариша Кабрала, сделанное им случайно, не могло изменить планов экспедиции, которые заключались в повторении пройденного Васко да Гамой пути пути в Индию.
Всего через десять дней после открытия новых земель, он отчалил в положенном направлении, попутно назвав землю Остров Истинного креста. Впоследствии эти земли стали известны древесиной пау-брезил, поэтому старое название не устояло.
Во время подхода к мысу Доброй Надежды разыгрался разрушительный шторм, в котором погибло 4 корабля, и вместе с ними погиб и известный мореплаватель Бартоломеу Диаш. Оставшиеся корабли были собраны и Педру Кабрал отправился в Калигуа, чтобы торговать с местным населением.
Однако жадность португальцев привела к тому, что местное население дошло до открытой стычки, в которой погибло полсотни испанцев. В отместку за такой исход Кабрал обстрелял город из пушек.
В результате активной торговли в других индийских городах, корабли были набиты пряностями и золотом. Флотилия вернулась домой в 1501 году. Вместо радости король был чрезмерно удручен потерями, которые понесла экспедиция и не смог простить их Кабралу.
После этого Педру Алвариш не принимал участия ни в одном плавании, был отстранен от командования, и до конца своей жизни не был допущен до важных предприятий. Скончался в 1526 году в своем имении.